Bangsa Indonesia adalah bangsa yang majemuk, terdiri dari berbagai suku, agama dan ras, tetapi dikenal sebagai bangsa yang ramah dan toleran, termasuk dalam hal kehidupan beragama. Toleransi mengadung pengertian adanya sikap seseorang untuk menerima perasaan, kebiasaan, pendapat atau kepercayaan yang berbeda dengan yang dimilikinya. Namun Susan Mendus dalam bukunya, Toleration and the Limit of Liberalism membagi toleransi menjadi dua macam, yakni toleransi negatif (negative interpretation of tolerance) dan toleransi positif (positive interpretation of tolerance). Yang pertama menyatakan bahwa toleransi itu hanya mensyaratkan cukup dengan membiarkan dan tidak menyakiti orang/kelompok lain. Yang kedua menyatakan bahwa toleransi itu membutuhkan lebih dari sekedar ini, meliputi juga bantuan dan kerjasama dengan kelompok lain. Konsep toleransi positif inilah yang dikembangkan dalam hubungan sosial di negara ini dengan istilah kerukunan (harmony), jadi kerukunan beragama adalah keadaan hubungan antarumat beragama yang dilandasi toleransi, saling pengertian dan saling menghormati dalam pengamalan ajaran agama serta kerjasama dalam kehidupan bermasyarakat.

Forum Komunikasi Umat Beragama (FKUB) Kota Yogyakarta menyelenggarakan lomba Kelurahan Rukun Beragama pada hari Sabtu tanggal 2 September 2023 di Hotel Harper. Lomba ini diikuri oleh Kelurahan Suryodiningratan, Kelurahan Bausasran, Kelurahan Cokrodiningratan, Kelurahan Prawirodirjan, Kelurahan Klitren, Kelurahan Baciri, Kelurahan Prenggan, Kelurahan Pringgokusuman dan Kelurahan Muja-Muju. Pada lomba ini masing masing Lurah atau yang mewakili memaparkan situasi yang ada di wilayah kerjanya.

Lurah Muja Muju memaparkan bahwa dari 10.933 penduduk Muja Muju, 8.840 nya menganut agama Islam, 1.240 menganut agama Katholik, 792 menganut agama Kristen, 49 beragama Buddha, 12 beragama Hindu dan 1 orang penganut Kepercayaan Terhadap Tuhan Yang Maha Esa. Walau berbeda tetapi penganut agama di kelurahan Muja Muju rukun dan saling membantu. Untuk rumah ibadah, ada 15 masjid dan mushola, 4 gereja dan 1 vihara. Di Kelurahan Muja Muju terdapat Rumah Tahfidz Muhammadiyah, Pesantren Ulil Albab, Pesantren Thoriqul Jannah, Pondok Salafi, Kantor LDII,  Susteran Orde SMFA. Beberapa sekolah bercorak keagamaan juga ada seperti SMP Pangudi Luhur, SMP Bopkri Miliran, SDIT Luqman Al Hakim,  TK & SD Muhammadiyah Miliran, serta SMP Muhammadiyah 8,  . Kemajemukan dan kerukunan ini menjadikan Kelurahan Muja Muju sebagai Kelurahan Guyub Rukun.